Habibie & Ainun merupakan film pertama yang mengangkat kisah cinta mendiang BJ Habibie dan istrinya, Hasri Ainun Besari.  Film Habibie & Ainun berkisah tentang hubungan asmara antara Rudy Habibie (Reza Rahadian) dan Ainun (Bunga Citra Lestari). Dikisahkan mereka pernah satu sekolah semasa SMP, hingga kedua bertemu lagi di Bandung, saling jatuh cinta hingga menikah dan terbang ke Jerman.

Film ini juga menceritakan tentang perjalanan awal kehidupan Habibie saat menuntut ilmu di Jerman. Film ini menyuguhkan perjuangan kisah cinta Habibie dan Ainun sebagai pasangan muda yang tinggal di negara orang sampai akhirnya Habibie dipanggil pulang untuk menjadi Presiden Indonesia. Puncaknya film ini juga menceritakan kesedihan Habibie atas kepergian Ainun yang disebabkan kanker ovarium stadiun lanjut.

Saat menuliskan kisah cintanya bersama Ainun, BJ Habibie tengah berupaya mengatasi masalah depresi yang dialaminya setelah pasangan hidupnya itu meninggal.”Anda tahu buku Habibie & Ainun saya tulis saat saya tidak tahu bahwa ibu Ainun terkena sakit kanker. Setelah ibu meninggal, saya sempat depresi,” kata BJ Habibie.Bahkan, seminggu setelah Ainun meninggal, BJ Habibie sempat berjalan tanpa sepatu, memakai baju tidur sambil terus menangis dan berteriak-teriak mencari mendiang istrinya tersebut seperti anak kecil. Alhasil, untuk menghilangkan depresi, BJ Habibie bersedia menceritakan segala masalah itu melalui tulisan (catatan) pribadi. Ia pun bersyukur, kisah cinta Habibie & Ainun yang ditulisnya itu telah menginspirasi banyak orang hingga menjadi buku best seller dan ceritanya diangkat ke layar lebar.